Фамилия Муззафарова — редкий случай, когда исходное имя не славянское, а арабское, и при этом фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов. Основа — мужское имя Муззафар (или Музаффар), которое в переводе с арабского означает «победоносный», «одержавший победу». В исламской традиции это одно из эпитетов Аллаха, а также распространённое личное имя. Женская форма фамилии указывает на принадлежность к роду человека по имени Муззафар: дочь, жена или вдова Муззафара.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Муззафар прибавили русский патронимический суффикс -ов, затем окончание -а, указывающее на женский род. Такая модель типична для фамилий, которые возникли в среде тюркских или кавказских народов, принявших русскую систему фамилий в XIX–XX веках. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Муззафа́рова, хотя в разговорной речи возможны варианты.

Географически фамилия Муззафарова чаще всего встречается в регионах с мусульманским населением: в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе, а также в Средней Азии (особенно в Узбекистане и Таджикистане). В русских областях она крайне редка. Двойное «з» в корне — не ошибка, а особенность передачи арабской буквы «за» (ظ) через кириллицу; в некоторых источниках встречается написание с одним «з» — Музафарова, но вариант с удвоением более точен этимологически.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий арабского происхождения, которые пришли через тюркское посредничество (например, через татарский язык), имя Муззафар сохранило чистую арабскую форму почти без фонетических изменений. Это говорит о том, что предки носителей фамилии могли быть религиозными деятелями или людьми, тесно связанными с исламской книжной традицией, где имя фиксировалось в классическом написании. Сословно фамилия не привязана к дворянству или крестьянству — она могла появиться у любой семьи, где отца звали Муззафаром, независимо от социального статуса.