Фамилия Мужаидова — редкий случай в русском ономастиконе, где за внешне славянским суффиксом -ов скрывается основа явно восточного происхождения. Чтобы понять её корни, стоит отбросить интуитивное сближение с русским словом «муж» — в данном контексте это ложный след. Основа «Мужаид» — это транслитерация арабского имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия: фамилия образована от мужского имени Мужаид (вариант написания — Муджаид, Муджахид). В арабском языке корень «дж-х-д» означает «усердие, старание». «Муджахид» — это «тот, кто прилагает усилия», «борец» (в религиозном, духовном, а не обязательно военном смысле). Через тюркские языки (татарский, башкирский, кумыкский) это имя попало в среду мусульманских народов Российской империи. Там оно обросло русским патронимическим суффиксом -ов/-ев по модели адаптации: имя отца (Мужаид) + суффикс принадлежности = «сын Мужаида», а для женщин — Мужаидова.

Суффикс -ов здесь — не славянский по происхождению, а показатель того, что фамилия оформлялась в русской канцелярской традиции. Такие фамилии характерны для татарских, башкирских, кавказских (особенно дагестанских и чеченских) родов, которые в XIX–XX веках получали документы на русском языке. Географически фамилия Мужаидова чаще всего встречается в регионах с преобладанием ислама: в Татарстане, Башкортостане, Дагестане, а также среди переселенцев в Средней Азии.

Менее правдоподобная, но не исключённая версия — связь с тюркским словом «мужа» (родственник по жене, свояк) или с диалектным «мужайда» (в некоторых говорах — «беспокойный человек»). Однако арабское происхождение через имя-прозвище объясняет форму более естественно: фамилии на -ов от арабских имён (типа Халилов, Саитов) — массовое явление, а Мужаидова вписывается в эту модель без натяжек.

В отличие от многих фамилий, которые со временем потеряли смысл основы, Мужаидова сохранила прямую отсылку к личному качеству предка — усердию или религиозному рвению. Носительница фамилии может с высокой вероятностью вести род от человека, которого в общине знали как «Муджахида» — не обязательно воина, скорее, настойчивого и принципиального верующего.