Фамилия Музыканты — редкий для русского уха случай, когда в основе лежит не имя предка и не его занятие, а профессия, да ещё и во множественном числе. Это сразу выдаёт её происхождение: скорее всего, перед нами не русская, а украинская или польская фамилия, возникшая на территории бывшей Речи Посполитой. Суффикс -ы (как в фамилиях Воробьи, Долгие) указывает на модель образования от прозвища во множественном числе, что характерно для западнорусских и украинских земель. В русской традиции фамилии от профессий обычно принимают форму на -ов (Музыкантов) или -ин (Музыканткин), а Музыканты — это прямая запись того, как в деревне или местечке называли целую семью или род: «Музыканты», то есть «те, кто играет музыку».

Вероятнее всего, основатель рода был музыкантом — не обязательно виртуозом или композитором, а скорее народным скрипачом, бандуристом или участником деревенского оркестра, который играл на свадьбах и ярмарках. В XVIII–XIX веках в украинских и польских сёлах музыканты составляли особую прослойку: их ремесло было востребовано, но социально часто считалось низким, почти бродяжническим. Однако именно эта профессия и закрепилась за родом как родовое имя. Встречается фамилия и у еврейского населения черты оседлости — там она могла быть как прозвищной, так и искусственной, присвоенной при переходе на фамилии в начале XIX века.

Есть и более прозаичная, но менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Музыканты или Музыкантовка — таких топонимов на западе Украины и в Белоруссии несколько. Но тогда скорее ждали бы форму Музыкантский или Музыкантов, а не чистое множественное число. Так что главная версия — профессиональное прозвище, которое не стали переделывать в стандартную русскую форму, а оставили как есть. Сегодня фамилия Музыканты встречается редко, в основном на Украине и в южных областях России, а её носители, сами того не зная, хранят память о предке, который когда-то зарабатывал на жизнь игрой на скрипке или цимбалах.