Фамилия Мякубов образована от прозвища или нецерковного имени Мякуб — южнославянского или тюркского по происхождению варианта арабского имени Якуб (библейский Иаков). В русской народной среде имя Якуб переделали в Яков, а в украинском, белорусском и особенно в языках Поволжья и Кавказа прижилась форма с начальным «м» — Мякуб, Макуб, Мягкуб. Такое чередование звуков — результат ассимиляции или диалектного произношения: «я» перешло в «я» с носовым оттенком, а затем в «мя». Имя Якуб означает «идущий по следу» или «Бог охраняет» — это одно из имён пророка в исламе и христианстве.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: Мякубов — буквально «сын Мякуба», «принадлежащий Мякубу». Такие фамилии в XVII–XIX веках массово получали крестьяне и мещане, когда отчество становилось наследственным. Если бы фамилия возникла в тюркоязычной среде, она скорее выглядела бы как Мякубоглы или Мякубулла, но суффикс -ов выдаёт русификацию: носитель, вероятно, жил в регионе, где смешивались славянские и тюркские традиции — например, в Среднем Поволжье (Татарстан, Башкортостан) или на Северном Кавказе.

Встречается также вариант написания Мягкубов — с буквой «г» перед «к», что отражает южнорусское или украинское «г»-фрикативное произношение. Но основная форма — Мякубов — тяготеет к восточным диалектам, где «г» в таких сочетаниях выпадает. Сравните с фамилиями Мякушев, Мякишев, где корень «мяк-» связан с мягкостью, но здесь иная этимология: Мякуб не имеет отношения к прилагательному «мягкий».

Сословное происхождение фамилии не зафиксировано в дворянских родословных книгах — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия. В переписях XIX века Мякубовы встречаются в Казанской, Симбирской и Оренбургской губерниях, что подтверждает связь с регионом, где ислам и православие соседствовали веками. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая: её носители живут как в России, так и в странах бывшего СССР, сохраняя память о предке, которого звали Мякуб.