Фамилия Мякунов — яркий пример того, как прозвище, данное по характеру или поведению, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит слово «мякун» — так в старых русских говорах называли человека мягкого, нерешительного, уступчивого, порой даже бесхарактерного. В словаре Даля зафиксирован глагол «мякать» в значении «мямлить, говорить нерешительно», а также прилагательное «мякущий» — вялый, слабый. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за свой покладистый нрав или медлительность.

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе, указывая на принадлежность («чей сын?» — Мякунов). Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «мякуш» (мякиш хлеба) — в этом случае прозвище могли дать пекарю или любителю мягкого хлеба, но эта версия слабее, так как суффикс -ун типичен именно для прозвищ по действию или свойству (болтун, молчун, говорун).

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и южным регионам России — встречается в документах по Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниям. В XIX веке Мякуновы фиксировались преимущественно в крестьянской среде, что подтверждает бытовое происхождение прозвища. Примечательно, что в тех же областях бытуют однокоренные фамилии Мякушин, Мякотников, Мякишев — все они восходят к тому же корню «мяк-», но с разными суффиксами и оттенками значения.

Известных носителей с общероссийской славой нет, что делает фамилию «чистой» для генеалогического поиска: её история не заслонена громкими биографиями, и каждый современный Мякунов может проследить свой род именно по той линии, где жил его предок-«мякун».