Фамилия Мякунова — женская форма от Мякунов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое давали человеку по его характеру или поведению. В основе лежит прилагательное «мякун», в русских говорах означавшее «мягкий, нежный, уступчивый человек». Слово образовано от «мякуш» или «мякушный» — то есть мягкий, как мякиш хлеба. Прозвище Мякун, скорее всего, давали спокойному, добродушному или даже безвольному человеку, которого легко уговорить.

Модель образования фамилии здесь классическая: основа «Мякун-» плюс суффикс принадлежности «-ов», который указывал на происхождение от отца. Мякунов — буквально «сын Мякуна». В данном случае суффикс нередкий, но сама основа довольно редкая: фамилии от корня «мяк-» (Мягков, Мякишев) встречаются чаще, а вот Мякунов — вариант с характерным уменьшительным или прозвищным суффиксом «-ун», который придаёт слову оттенок свойства или склонности (ср. Болтун, Молчун).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также на Урале, куда переселенцы принесли её из северных говоров. В старых писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с этой фамилией, что указывает на её недворянское, простонародное происхождение.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «мякун» имело и второе значение — так называли человека, который любит мягко стелить, льстить. Поэтому не исключено, что прозвище могло быть ироничным, данным в насмешку над излишней мягкостью или угодливостью. Споров о происхождении фамилии почти нет: корень и модель прозрачны, и все версии сходятся к характеристике человека, а не к роду занятий или имени.