Фамилия Мыкалкина — редкий случай, когда в основе лежит не ремесло и не крестильное имя, а глагол, описывающий образ жизни или манеру поведения. В мужском варианте — Мыкалкин, и образована она по самой распространённой в России модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ин. Значит, предка, давшего фамилию, звали Мыкалка.

Корень здесь — «мыкать». В старых говорах у этого слова было два основных значения. Первое — «скитаться, бродить без дела, испытывать нужду», отсюда выражение «мыкать горе». Второе, более узкое и конкретное, — «трепать лён или пеньку, очищая волокно от костры». В этом смысле «мыкалка» могла быть и названием инструмента (чесалки, трепала), и прозвищем работника, занятого этой пыльной и тяжёлой работой.

Какая из версий правдоподобнее? Для фамилии более вероятно прозвище по занятию. Лён и конопля были основными культурами в нечернозёмной полосе России, и «мыкальщиков» — тех, кто мял и трепал волокно — знали в каждой деревне. Прозвище Мыкалка мог получить либо сам мастер, либо человек, чем-то напоминавший его манеру работы. Версия о «скитальце» менее убедительна, потому что для обозначения бродяги в русском языке были более ходовые прозвища (Бродяга, Скиталец), а «мыкала» — слово редкое, с оттенком суетливости, а не безнадёжности.

Фамилия Мыкалкин — явно недворянская, крестьянская или посадская. По географии она тяготеет к центральным и северным областям России, где было развито льноводство: возможные очаги — бывшие Ярославская, Костромская, Вологодская губернии. Встречается она нечасто, что неудивительно: прозвище от глагола «мыкать» не было повсеместным, а в некоторых говорах могло приобрести и ругательный оттенок (о надоедливом или суетливом человеке).

В написании фамилия устойчива: вариант с одной «л» (Мыкалкин, а не Мыкаллин) закрепился в документах, и это важно, так как некоторые однофамильцы могли получить фамилию от топонима Мыкалка, но таких названий в русской ономастике почти не зафиксировано. Так что корень — именно глагол, а не географическое название.