Фамилия Мылаенко звучит необычно для русского уха, и это сразу подсказывает направление поиска. Её основу составляет украинский суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером фамилий на Левобережной Украине, особенно в Черниговской и Полтавской губерниях. Суффикс -енко означает «сын» или «потомок», то есть Мылаенко — буквально «сын Мылая».

Корень «Мылай» — это разговорная или диалектная форма. Наиболее вероятное объяснение: прозвище Мылай происходит от глагола «мылить» — в переносном смысле «обманывать, втирать очки» или «льстить». В украинских говорах слово «милай» также могло означать «льстец» или «хитрец». Таким образом, родоначальник Мылаенко мог получить прозвище за изворотливость или склонность к лести.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с мылом как предметом торговли. В некоторых регионах «мылаем» могли назвать мыловара или торговца мылом. Однако эта гипотеза слабее, так как для обозначения ремесленника чаще использовали суффиксы -арь или -ник, а не -ай.

Фамилия Мылаенко редкая и не встречается в массивных списках дворянских родов. Её носители, скорее всего, относились к казацкой старшине или крестьянству, которые массово получали фамилии на -енко после реестров казаков. В современных справочниках фамилия фиксируется в основном на востоке Украины и в приграничных областях России, что подтверждает её происхождение из среды украинского казачества.