Фамилия Мынгаева — редкая и территориально привязанная. Её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или монгольская. В русском языке она закрепилась с помощью типичного притяжательного суффикса -ев, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мынгаев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Мынгай.

Корень «мынга» (или «мынгай») в тюркских языках может восходить к слову «мың» (тысяча) или «мыңғы» (вечный, тысячелетний). В башкирском и татарском языках «мың» — это «тысяча», а также компонент личных имён, часто с пожеланием долголетия или многочисленного потомства. В казахском и киргизском «мың» — «тысяча», но в составе прозвищ могло означать «богатый», «имеющий тысячу (голов скота, воинов)». Есть и другая версия: «мынга» — искажённое «мянга» от монгольского «мянга» (тысяча) или «мянгад» (название одного из древних монгольских родов). В бурятском языке «мянга» — «тысяча», а Мынгаев — это русифицированная фамилия от бурятского имени Мянга, которое давали ребёнку, родившемуся в год Тысячи или просто с пожеланием богатства.

Географически фамилия Мынгаева встречается в основном в Забайкалье, Бурятии и Иркутской области, а также в Татарстане и Башкортостане. Наиболее вероятная версия — бурятское происхождение: фамилия образована от личного имени Мынга (Мянга) по стандартной русской модели (имя + -ев). В этом случае предок носителя фамилии был бурятом, принявшим православие или просто получившим русскую фамилию при переписи. В татарской среде фамилия могла возникнуть от имени Мынгай (уменьшительное от «мың»), но с тем же суффиксом.

Фамилия женского рода (Мынгаева) — это форма от мужской Мынгаев. Если искать однокоренные, то это Мынгаев, Мынгалов, Мынбаев, Мынжасаров — все они редкие и связаны с тюрко-монгольским «мын».