Фамилия Мышлянникова — отчество от прозвища или профессии отца. Её основа — слово «мышлянник». Самая прямая и правдоподобная версия: так в некоторых русских говорах называли охотника на мышей, то есть человека, который ставил ловушки, травил грызунов или держал специальных собак и кошек для мышиной охоты. Промысел был не самым престижным, но востребованным в крестьянском быту, особенно в амбарах и житницах.

Менее очевидный вариант — связь с диалектным глаголом «мышлять» (думать, размышлять, хитрить). В этом случае «мышлянник» — прозвище вдумчивого, расчётливого человека, возможно, неспешного в решениях. Однако такая версия слабее: суффикс -янник/-анник в русских фамилиях чаще указывает на занятие или предмет, а не на свойство характера. Сравните: «садовник» (от сада), «кожевник» (от кожи), «мышлянник» логичнее выводить из конкретного дела, а не из отвлечённого качества.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Мышлянник» добавили суффикс -ов, получив Мышлянников, а женская форма — Мышлянникова. В документах XIX века встречается и вариант без удвоения «н» — Мышляников, но написание с двумя «нн» закрепилось как нормативное.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. По данным переписей, большинство Мышлянниковых — из бывших Вятской, Пермской и Костромской губерний. В Вятке, например, мышлянниками называли не только охотников на мышей, но и мелких торговцев, которые скупали пушнину или шкурки — промысел, близкий к охотничьему. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть как деревенским «мышеловом», так и бродячим скупщиком меха.

В отличие от фамилий вроде Мышкин или Мышаков, где основа — само животное, Мышлянникова держится на деятеле: человеке, чья жизнь была связана с мышами, будь то борьба с ними или торговля их шкурками.