Фамилия Мышненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс, изначально указывавший на сына или потомка («чей?»), стал универсальным родовым маркером, и Мышненко буквально означает «потомок Мышны» или «сын Мышны». Сама основа — прозвище Мы́шна, которое в украинских говорах могло иметь разные значения. Самое очевидное — от слова «миша» (мышь), но прозвище могло относиться не к животному, а к человеку: тихому, незаметному, или, наоборот, юркому и пронырливому. В некоторых диалектах «мишна» — это также название особого мешка или сумки, что могло указывать на профессию коробейника или торговца.

Вторая, менее распространённая версия связывает основу с личным именем Михаил в его украинской народной форме Михно или Мы́хно. Прозвище Мы́хна, а затем и Мы́шна (с переходом «х» в «ш» под влиянием соседних говоров) могло быть производным от «Михей» или «Михаил». Тогда Мышненко — это «потомок Мы́шны», то есть человека, носившего уменьшительную форму от крестильного имени. Такая модель встречается в украинских фамилиях на -енко от основ, оканчивающихся на -а: Мышна → Мышненко, как Шевченко от Шевця (швеца) или Коваленко от коваля.

Географически фамилия Мышненко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — в Полтавской, Черкасской, Киевской, а также в южных регионах, где активно шло заселение в XIX веке. В России она редка и обычно указывает на украинские корни носителей.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в русской традиции склоняются как прилагательные, Мышненко — фамилия неизменяемая, что типично для украинских фамилий на -енко. Это часто вызывает путаницу при оформлении документов, но именно эта особенность выдает её происхождение с юго-запада Руси, где такие фамилии массово закрепились в казацкой среде в XVII–XVIII веках. Таким образом, предки современных Мышненко с высокой вероятностью были казаками или крестьянами из тех земель, где прозвище давали по характеру, внешности или занятию, а не по отцу.