Фамилия Мызенкова хранит память о прозвище дальнего предка — Мыза. В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля это слово означает «дача, отдельный загородный дом с хозяйством, хутор». Такое прозвище могло указывать на место жительства основателя рода — за городом, на отдельном хуторе — или на род его занятий, связанный с сельским хозяйством. Человек, владевший мызой, был заметной фигурой, и имя его закрепилось за потомками.

Есть и вторая версия, менее распространённая. Она сближает прозвище Мыза с украинским прилагательным «мизатый» — «толстощекий». Если следовать этой гипотезе, прозвище могли дать полнолицему, упитанному человеку. Однако первое объяснение выглядит убедительнее: слово «мыза» бытовало в северо-западных русских говорах и в Прибалтике, где так называли отдельную усадьбу или хутор. Это делает версию о связи прозвища с местом жительства или хозяйством более естественной для русской почвы.

Сама форма фамилии любопытна. Мызенкова — это не прямое образование от прозвища Мыза (тогда была бы фамилия Мызин или Мызов), а более поздняя ступень. Сначала прозвище Мыза закрепилось за родом в форме Мызенко — так могли называть сына или потомка Мызы, используя уменьшительно-патронимический суффикс -енко, характерный для украинской и белорусской традиции. Когда носители этой фамилии оказались в великорусской среде, произошла русификация: к основе Мызенко добавили типичный русский суффикс -ов, и получилась фамилия Мызенков, а для женщин — Мызенкова. Такое наслоение суффиксов — редкий случай, который прямо указывает на миграцию рода и смену языковой среды.

История фамилии, таким образом, складывается из двух пластов: прозвище, описывавшее человека или его усадьбу, и последующее оформление по русской модели. Потомок человека по прозвищу Мыза со временем стал носить фамилию Мызенкова, и в ней сохранились следы и старого слова, и пути, который прошёл род.