Фамилия Набибекова — женская форма мужской фамилии Набибеков. Её основа — составное арабско-тюркское имя Набибек, где первая часть «Наби» означает «пророк» (араб.), а вторая — «бек», то есть «господин», «князь» (тюрк.). Буквально — «господин-пророк» или «пророк-князь». Такие имена-титулы были популярны у народов Кавказа и Средней Азии: они подчёркивали знатность происхождения или религиозный статус семьи.

Примечателен суффикс. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к мусульманскому имени. Это типично для народов, вошедших в состав Российской империи в XIX веке: при переписях и составлении метрик фамилии давали по имени отца или деда, добавляя русское окончание. То есть Набибеков — буквально «сын Набибека». Женская форма на -а — чисто грамматическая, она не меняет смысла и не указывает на род занятий женщины.

Основной ареал фамилии — Азербайджан и Дагестан. У лезгин, аварцев и других народов Дагестана имя Набибек встречается как традиционное, поэтому носительницы фамилии Набибекова с высокой вероятностью имеют корни в этих регионах. Встречается фамилия и у татар, но реже.

Сословно фамилия на -бек обычно указывала на принадлежность к привилегированному слою — бекам. Однако в XIX веке многие беки потеряли привилегии, а после революции 1917 года титул и вовсе упразднили. Так что носительницы фамилии могут происходить как из потомков знати, так и из семей, где «бек» было просто частью имени, без реального социального статуса.

В написании возможны варианты: Набибекова (с двумя «б») и Набибекова (с одним — встречается реже, как опечатка или упрощение). Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Набибе́кова.