Фамилия Набибеков — одна из тех, в которых на стыке двух культурных традиций рождается ясная и прозрачная этимология. В её основе лежит арабское имя Наби («пророк»), широко распространённое в исламском мире, и тюркский титул «бек» (князь, господин, предводитель). Сложносоставное имя Набибек означает «пророк-господин» или «господин, подобный пророку» — типичная для Востока почтительная формула, где сакральное понятие соединяют со светским статусом.

Модель образования фамилии — русская по форме, но восточная по корню. Суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на принадлежность: Набибеков буквально значит «сын Набибека» или «из рода Набибека». Такие фамилии массово закрепились в XIX–XX веках у народов Кавказа и Средней Азии, когда имперская администрация требовала от местного населения «обрусить» патронимы. Носитель фамилии, скорее всего, потомок человека, которого звали Набибек — имя давали в честь деда или отца, подчёркивая благочестие семьи.

Географически фамилия тяготеет к Азербайджану, Дагестану и другим регионам, где говорят на тюркских языках и исповедуют ислам. Встречается она и у татар, и у народов Средней Азии, но ареал наиболее плотного бытования — южный Дагестан и северный Азербайджан. Интересно, что в отличие от многих фамилий на -ов, образованных от чисто тюркских прозвищ (например, Ахмедов, Рамазанов), здесь мы видим арабский корень, который «обкатали» тюркским суффиксом, а потом русифицировали. Это делает фамилию Набибеков характерным образцом гибридной ономастики — живого следа многовековых контактов языков и культур.

Социальный статус предков определить сложно: «бек» в составе имени мог указывать на знатное происхождение, но к XIX веку этот титул часто давали просто как почётное прозвище, не связанное с реальным владением землёй. Поэтому не стоит искать за фамилией Набибеков обязательно княжеский род — скорее, это память о том, что в семье ценили религиозное образование и уважение к старшим, раз выбрали такое составное имя для родоначальника.