Фамилия Нагибекова — женская форма, а мужская — Нагибеков. В её основе лежит сложное имя, составленное из двух частей. Первая часть восходит к арабскому «наги» (или «нагиб»), что означает «знатный», «благородный», «уважаемый». Вторая часть — «бек» (тюркское «бег», «бей») — титул, обозначающий вождя, князя, господина. Таким образом, имя Нагибек в буквальном смысле переводится как «знатный господин» или «благородный бек». Это типичный пример составного имени-титула, популярного в мусульманских культурах Средней Азии и Кавказа.

Модель образования фамилии — суффикс -ов (в мужском роде) и -ова (в женском), который в русском языке указывает на принадлежность: «сын (или дочь) Нагибека». Это говорит о том, что фамилия сложилась в русскоязычной среде, вероятно, при документальном оформлении в XIX–XX веках. В отличие от восточных фамилий, где суффиксы часто передают родство (например, -оглы, -заде), русский патронимический суффикс -ов/-ева прижился у многих народов, вошедших в состав Российской империи.

Географически фамилия Нагибекова чаще всего встречается в Дагестане, Чечне, а также среди народов Средней Азии — узбеков, таджиков, казахов. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, происходили из среды местной знати или духовенства. Имя-титул «бек» в этих регионах часто давали детям в семьях, имевших привилегированное положение, или как пожелание высокого статуса.

Стоит отметить, что в тюркских языках существует и вариант «Нагибек», где «нагиб» может означать не только «знатный», но и «предводитель», «глава рода». Поэтому фамилия могла закрепиться за потомками человека, занимавшего выборную должность старейшины или военачальника. В любом случае, этимология фамилии прямо указывает на уважаемое, высокое положение её первого носителя в традиционном обществе.