Фамилия Нагзибекова — женская форма фамилии Нагзибеков, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Нагзибек. Это составное имя тюркского происхождения, где первая часть «нагз» восходит к персидскому «нагз» — «хороший, прекрасный, отличный». Вторая часть «бек» — тюркский титул, означающий «князь, господин, повелитель». В составе личных имён «бек» указывало на знатность или принадлежность к военно-феодальной верхушке. Таким образом, имя Нагзибек можно перевести как «прекрасный бек» или «благородный господин».

Фамилии на -ов/-ев характерны для русской ономастической традиции, но в данном случае они оформляют основу, пришедшую из тюркских языков. Это типичная модель для фамилий народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, где русский суффикс присоединялся к местному имени при документации в XIX–XX веках. Наиболее вероятный ареал фамилии — Дагестан, Чечня или Ингушетия, хотя точная география требует уточнения по конкретным переписям.

В отличие от многих фамилий с прозрачной географической привязкой, Нагзибекова не имеет однозначной версии происхождения от профессии или прозвища — она целиком построена на личном имени. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, потомки человека по имени Нагзибек, который мог быть уважаемым в своём обществе человеком, возможно, старшиной или военным. Спорных версий здесь нет: корень «нагз» не смешивается с русскими или иными славянскими словами, а «бек» — устойчивый компонент в тюркской антропонимии.

Встречаются однокоренные фамилии — Нагзиев, Нагзибеков (без суффикса -ов, что редкость), Нагзибекян (армянская адаптация). Все они указывают на одно и то же имя-основу, но различаются по национальной окраске окончаний. Фамилия Нагзибекова — пример того, как тюркское имя с персидским корнем обрело русское патронимическое окончание, закрепившись в документах как наследственное родовое имя.