Фамилия Нагибеков — яркий пример тюркско-персидского именослова, прижившегося в русской среде. В её основе лежит сложное имя Нагибек, которое чётко распадается на две части: «Наги» и «бек».

Первая часть, «Наги», восходит к арабскому слову «наги» (наки), что значит «спаситель», «избавитель» или «чистый, непорочный». Это один из эпитетов, нередко встречающийся в мусульманских именах. Вторая часть — «бек» (или «бей») — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». В составе личных имён он указывал на знатное происхождение или высокий статус.

Таким образом, имя Нагибек (а от него и фамилия) можно перевести как «чистый господин» или «спаситель-князь». Модель образования фамилии типична для народов Кавказа и Средней Азии: к тюркскому имени на согласный добавили русский патронимический суффикс -ов. Получилось отчество «чей?» — «сын Нагибека».

Фамилия Нагибеков распространена прежде всего среди народов, исторически связанных с исламом и тюркской культурой: у азербайджанцев, кумыков, ингушей, чеченцев, татар. В русском контексте она закрепилась как «вторая» фамилия у крещёных или обрусевших потомков, либо у выходцев с Кавказа и Закавказья. В дореволюционных списках она могла принадлежать как дворянам (бекам), так и простым горцам, взявшим фамилию по имени предка — социальный статус носителя здесь не всегда совпадает с аристократическим значением титула «бек» в основе.

Интересная деталь: в некоторых диалектах и старых записях можно встретить вариант Нагибеков с ударением на второй слог (Наги́беков), что выдает азербайджанское или кумыкское произношение, где ударение в имени падает на «ги». В русском же языке фамилия чаще звучит с ударением на последний слог (Нагибеко́в).