Фамилия Надежко в основе своей имеет прозвище Надежа. В старину так называли человека, на которого можно положиться: крепкого, храброго мужчину, защитника и опору семьи. Смысл прозвища напрямую связан с прилагательным «надёжный», и в этом значении оно бытовало в разных слоях общества.

Однако у фамилии есть и вторая, не менее интересная версия происхождения — искусственная. Такие фамилии специально придумывали для учеников духовных семинарий, заменяя неблагозвучные или бытовые прозвища будущих священников на более благородные и назидательные. Фамилию Надежко могли дать семинаристу в награду за блестящие успехи в учёбе или как символ надежды, которую он подаёт церкви. В этом случае она стоит в одном ряду с фамилиями Надеждин, Надеждинский, Надеждов и другими, образованными от отвлечённых понятий.

Исторические документы подтверждают древность прозвища. В труде С. Б. Веселовского упоминаются родственные имена: Надежа Михайлович Игнатьев, живший в первой половине XVI века, и Надежа Богданович Владыка из Коломны, известный в том же столетии. Эти записи показывают, что прозвище использовалось как самостоятельное имя задолго до того, как закрепилось в фамилии.

Сам суффикс «-ко» в фамилии Надежко — типичный для украинских и южнорусских фамилий. Он указывает на уменьшительно-ласкательную форму или на принадлежность к роду: Надежко буквально означает «сын Надежи» или «маленький Надежа». Такая модель словообразования широко распространена в левобережной Украине и на юге России, что позволяет предположить географическое происхождение рода.

Позже прозвище Надежа, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его — как в повседневной речи, так и в официальных документах. Так личное качество человека стало родовым именем, пережившим столетия.