Фамилия Надоненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (а также его варианты -енкo, -єнко) изначально имел значение «маленький», «сын» или «потомок», то есть указывал на родство по отцу. Так, Надоненко — это буквально «сын Надона» или «потомок Надона».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Надон. Это слово в русских и украинских говорах не является широко распространённым, поэтому его происхождение вызывает вопросы. Наиболее вероятная версия: Надон — это усечённая или народно-разговорная форма одного из крестильных имён, начинающихся на Над-. Например, от имени Надежда (в просторечии — Надя, Надёнка) или от редкого имени Надон (возможно, заимствованного из греческого через церковнославянскую традицию, где Надон — вариант имени Наум или Афанасий). В украинской среде такие сокращения были обычны: от полного имени брали первый слог или корень и добавляли уменьшительный суффикс -он, -ан (ср. Мирон от Мирон, Федон от Фёдор, Надон от Надежда).

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного глагола «надонить» (в некоторых говорах — «надавать», «наделать», «навялить»). В таком случае Надон мог получить человек, который что-то «надонил» — то есть сделал в избытке, наготовил, или же, наоборот, был назойливым, «надоным» (от «донять» — «досадить»). Однако эта гипотеза слабая, так как глагол редкий и не зафиксирован в основных ономастических словарях как источник фамилий.

Географически фамилия Надоненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко был доминирующим при образовании фамилий у казачества и крестьянства. В России она встречается реже, в основном в южных регионах, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках.

По социальному происхождению носители фамилии, скорее всего, относились к казацкой старшине или крестьянам. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVII–XVIII веков фамилии на -енко фиксировались как у рядовых казаков, так и у их потомков, получивших дворянство. Однако без точных документальных подтверждений (например, упоминаний в «Реестре Войска Запорожского» 1649 года или в исповедных росписях) сословную принадлежность конкретного рода Надоненко можно предполагать лишь гипотетически.

Таким образом, фамилия Надоненко — типичный украинский патроним, образованный от личного имени Надон (скорее всего, сокращённой формы от Надежда или другого канонического имени). Её носители — потомки человека по прозвищу или имени Надон, жившего на территории современной Центральной или Восточной Украины.