Фамилия Нагарникова — женская форма фамилии Нагарников. Её основа — прозвище или профессия, связанная со словом «нагарник». В русских говорах нагарником называли либо того, кто чистил нагар (сажу) в печных трубах, либо человека, занимавшегося изготовлением или продажей нагара — пережжённого остатка после выгонки дёгтя или смолы. Второе значение встречается в северных и сибирских диалектах, где смолокурение и дёгтеварение были распространёнными промыслами. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть трубочистом, смолокуром или ремесленником, связанным с переработкой древесной смолы.

Суффикс -ник- в основе указывает на деятеля: нагарник — человек, имеющий дело с нагаром. Фамилия образована по типичной русской модели: прозвище + патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Нагарника» или «из семьи Нагарниковых». Окончание -а у женской формы — стандартное для русского языка.

Фамилия редкая, географически тяготеет к регионам, где были развиты смолокурение и дёгтеварение: Архангельская, Вологодская, Костромская области, а также Сибирь. Встречается и в центральной России, но там чаще могла относиться к трубочистам. В дореволюционных переписях и метрических книгах XIX века фамилия фиксируется преимущественно в крестьянской среде, что неудивительно: промыслы, связанные с переработкой древесины, были уделом сельских жителей.

Слово «нагар» имеет и переносное значение — «осадок», «отложение», и в редких случаях прозвище Нагарник могли дать человеку с тёмным цветом лица или въедливым характером, но это менее правдоподобная версия: профессиональная основа здесь очевиднее. Фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, как иногда ошибочно предполагают из-за необычного звучания.

В современных справочниках фамилия Нагарникова не упоминается в списках дворянских родов, что подтверждает её народное, ремесленное происхождение.