Фамилия Нагибигн — редчайший случай в русском ономастиконе, и её происхождение вызывает больше вопросов, чем ответов. Сразу бросается в глаза нехарактерное для русских фамилий окончание. Подавляющее большинство русских фамилий заканчивается на -ов, -ев, -ин, -ский. Здесь же мы видим финаль -игн, которая не вписывается ни в одну стандартную словообразовательную модель. Это заставляет предположить, что перед нами не исконно русская фамилия, а результат искажения (трансформации) иноязычной основы на русской почве.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя. Если отбросить подозрительное окончание, получится основа «Нагиб». В русских говорах слово «нагиб» могло означать «изгиб», «кривизну», а человека с такой характеристикой — сутулого или сгорбленного. Однако фамилии от слова «нагиб» обычно образовывались с суффиксами -ов или -ин: Нагибов, Нагибин. Фамилия Нагибин действительно существует и встречается гораздо чаще. Нагибигн же — это либо описка, закрепившаяся в документах, либо результат смешения с какой-то другой фамилией.

Вторая, более правдоподобная версия — фамилия могла возникнуть на стыке культур, например, в среде немецких колонистов или в Прибалтике, где русское окончание приращивалось к нерусской основе. Окончание «-игн» может быть русифицированной версией немецкого окончания «-инг» (как в фамилиях типа Геринг, Бирлинг) или скандинавского «-иг». В таком случае корень «Нагиб-» мог быть переосмыслен русскими писарями, записавшими на слух фамилию иностранца. Например, немецкая фамилия Nagebein (Nagel — гвоздь + Bein — нога) при адаптации могла превратиться в «Нагибигн». Это сложное слово означало бы «гвозденогий» — прозвище, данное за походку или профессию кузнеца.

Единой и бесспорной версии нет. Ясно одно: фамилия Нагибигн — не результат традиционного русского именования по отцу или ремеслу. Это, скорее всего, «кабинетное» изобретение писаря XIX века, который записал сложную иноязычную фамилию так, как услышал, или ошибся при копировании. Носителям этой фамилии стоит искать корни не в древнерусских прозвищах, а в документах о переселенцах или в метрических книгах западных губерний Российской империи, где было много немецких и польских колонистов.