Фамилия Нагимуллина происходит от арабского мужского имени Нагимулла. Это составное имя: первая часть Нагим переводится как «счастье, спокойствие, благополучие, безбедная жизнь», а также имеет оттенок «сладкий вкус, удовольствие, наслаждение; кушанья, яства». Вторая часть — Улла, искажённое арабское Аллах, то есть «бог». Полный смысл имени — «обилие, богатство, счастье Аллаха».

Имя Нагимулла было популярно у татар и других тюркоязычных народов, исповедующих ислам. Оно относится к группе теофорных имён, которые включают имя Всевышнего. Родители, называя так ребёнка, вкладывали пожелание, чтобы его жизнь была наполнена благодатью и довольством от Бога.

Фамилия образована по классической для татарской традиции модели: к основе Нагимулла добавили русский притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность роду. Форма Нагимуллина — это женский вариант фамилии, у мужчин она пишется как Нагимуллин. Такой переход характерен для русскоязычной среды, где фамилии получили родовые окончания по грамматическому роду.

Процесс формирования фамилий у волго-уральских татар шёл несколько столетий и завершился в основном к началу XX века. Поэтому точно сказать, где и когда возник род Нагимуллиных, можно только после глубоких генеалогических изысканий. Однако сам тип фамилии с суффиксом -ин и мусульманским именем в основе указывает на то, что предки носителей фамилии были верующими людьми, для которых имя с частицей «Аллах» было не просто звуком, а семейным оберегом и молитвой.