Фамилия Нахаенко — яркий пример восточноукраинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в казацкой среде Левобережной Украины и Слобожанщины. Суффикс -енко традиционно указывал на «сына» или «потомка»: Нахаенко — буквально «сын Нахая». Основой послужило прозвище или неканоническое имя Нахай.

Что могло значить слово «нахай»? В украинских и южнорусских говорах «нахай» — это не только повелительная форма глагола «нахаяти» (нагло требовать, навязываться), но и самостоятельное прозвище для человека дерзкого, бесцеремонного или, наоборот, настойчивого в достижении цели. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «нахай» в значении «наглец, нахал», хотя в некоторых диалектах оно могло иметь и нейтральный оттенок — «упрямец».

Вероятнее всего, первый носитель прозвища Нахай получил его за характер: либо за резкость и напор, либо за нежелание уступать. В казацкой среде такие прозвища не считались оскорбительными — скорее, они подчёркивали боевые качества или бытовую неуступчивость. Фамилия закрепилась за потомками, когда прозвище перестало быть описанием личности и стало родовым именем.

Географически фамилия Нахаенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Днепропетровской, Харьковской. В России она редка и обычно принадлежит потомкам переселенцев с Украины времён Столыпинской аграрной реформы или более поздних миграций.

Интересно, что фамилия не имеет варианта с русским суффиксом -ов (Нахаев), хотя однокоренные фамилии (Нахаев, Нахай) существуют. Форма на -енко сохранила региональную привязку и указывает на происхождение именно из украинской среды, где этот патронимический суффикс был нормой для всех сословий, включая казаков и крестьян.