Фамилия Нагаенко звучит как типичная украинская фамилия, и это верное первое впечатление. Её образует суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был главным маркером «сына такого-то» на землях современной Украины. Если разобрать фамилию на части, основа — «Нагай» или «Нагая», а суффикс прямо указывает на происхождение от человека с таким прозвищем.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским словом «нагай» — так в старину называли ногайцев, один из тюркских народов, кочевавших в причерноморских и приазовских степях. В русских и украинских говорах слово «нагай» могло означать «татарин», «степняк» или просто «человек с востока». Прозвище Нагай давали либо тому, кто внешне напоминал ногайца (смуглая кожа, раскосые глаза), либо тому, кто имел с ними дело — торговал, воевал или жил по соседству. Соответственно, Нагаенко — это буквально «сын Нагая», то есть потомок человека, которого прозвали за связь с ногайцами.

Менее распространённая версия отталкивается от слова «нагой» — голый, раздетый. В этом случае прозвище Нагой (или Нагай в диалектном произношении) мог получить бедняк, не имевший приличной одежды, или человек с лысиной. Однако фамилия с суффиксом -енко от прилагательного «нагой» обычно звучала бы как Нагойченко или Нагойко, а форма Нагаенко всё-таки тяготеет к тюркскому корню.

Географически фамилия Нагаенко распространена в центральных и южных областях Украины, особенно в Черкасской, Кировоградской и Днепропетровской областях. В России встречается реже, в основном среди потомков переселенцев с Украины. Сословной привязки нет: носителями фамилии могли быть и казаки, и крестьяне, и мещане — прозвище не указывало на знатность или ремесло, а лишь фиксировало внешнюю или этническую особенность предка.

В написании фамилии возможны варианты: через «о» (Ногаенко) или с двойным «а» (Наагаенко), но основная и исторически сложившаяся форма — Нагаенко, с одной «а» и суффиксом -енко.