Фамилия Наханькова — женская форма фамилии Наханьков. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность или родство: Наханьков — сын или потомок человека по прозвищу Наханько. Основа здесь — корень «нахань-», который в русских говорах, особенно южных и западных, имел значение «нахал, наглец, бесстыдник». В словаре Владимира Даля слово «наханя» фиксируется именно в этом смысле, причём с пометкой о простонародном, часто бранном употреблении.

Прозвище Наханько мог получить человек дерзкий, бесцеремонный, склонный к наглым поступкам. В крестьянской среде такие прозвища давали не столько для осуждения, сколько для точной характеристики — как бы «закрепляли» за человеком его самую яркую черту. Суффикс -к-о (Наханьк-о) в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее именной, характерный для украинского и южнорусского словообразования: так оформляли прозвища и неканонические имена (ср. Грицько, Лесько, Михалко).

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Наха́нькова. Встречается она редко, преимущественно на юге России и в областях, граничащих с Украиной — в Белгородской, Воронежской, Курской областях. Там же бытуют однокоренные фамилии: Наханов, Нахаев, Нахалов. Все они восходят к одному корню, но Наханьков выделяется характерным южнорусским суффиксом -к-о, который в фамилиях почти всегда указывает на украинское или пограничное происхождение предка.

Таким образом, носитель фамилии Наханькова — потомок человека, которого в деревне прозвали Наханько за дерзкий нрав или прямо-таки за нахальство. Фамилия не дворянская и не книжная, а народная, живая, из гущи крестьянского быта.