Фамилия Наханьков относится к распространенному типу еврейских фамилий. Фамилия Наханьков образована от имени Наханя (Нафаня) — украино-белорусского варианта имени Нафанаил (в переводе с еврейского - «данный Богом»). Чередование согласных ф/х нередко встречается в фамилиях украинского и белорусского происхождения. Среди святых, носивших это имя — апостол Нафанаил (известен также под именем Варфоломей), праведный Нафанаил и преподобный Нафанаил. Следует отметить, что фамилия Наханьков является отчеством второго порядка: Наханьков — сын Наханько, внук Нахани (Нафани). Суффикс -ко также указывает на украинские или белорусские корни фамилии. Все это свидетельствует о том, что фамилия Наханьков представляет собой замечательный памятник европейской письменности и культуры. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения фамилии Наханьков можно лишь на основании генеалогических исследований.