Фамилия Наханьков — это отчество второго порядка, то есть «внучий» патроним. Разбираем цепочку: Наханьков — сын Наханько, внук Нахани. Такая модель образования типична для украинских и белорусских земель, где уменьшительные формы имен с суффиксом -ко становились основой для следующих поколений фамилий. Если ваш предок носил прозвище Наханько, его дети записывались как Наханьковы, а не как Нахановичи, что и закрепилось в роду.

Основа фамилии — имя Наханя, которое представляет собой украино-белорусский вариант канонического имени Нафанаил. В переводе с древнееврейского оно означает «данный Богом». Чередование согласных ф/х в этом случае не случайность, а характерная черта восточнославянской народной речи: звук [ф] был чуждым для славянских говоров, поэтому его часто заменяли на [х] или [хв] (сравните с просторечным «Хома» вместо «Фома»). Этот фонетический сдвиг встречается во многих фамилиях украинского и белорусского происхождения, и Наханьков — один из таких примеров.

В церковном календаре имя Нафанаил носили несколько святых, включая апостола Нафанаила, известного также как Варфоломей, а также праведного и преподобного Нафанаила. Однако в народной среде имя не прижилось в полной церковной форме — чаще использовали сокращенные варианты, которые и дали жизнь фамилиям. Помимо Наханькова, от этой же основы образованы фамилии Наханов, Наханько, Нафаньков, и все они восходят к одному источнику.

Суффикс -ко в основе Наханько указывает на украинские или белорусские корни рода. В этих регионах уменьшительно-ласкательные формы имен с таким суффиксом были настолько распространены, что стали полноценными прозвищами и затем фамилиями. Сам же суффикс -ов в конечной форме Наханьков — уже русская адаптация, которая произошла при документальном оформлении фамилии или при переезде семьи в великорусские губернии.

Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения фамилии можно только после генеалогического исследования: процесс формирования фамилий в восточнославянских землях растянулся на несколько столетий, и разные ветви могли закрепить написание независимо друг от друга. Тем не менее сама структура фамилии Наханьков — редкий пример сохранения народной фонетической традиции в официальном родовом имени.