Фамилия Наханьков образована от имени Наханя (Нафаня) — украино-белорусского варианта имени Нафанаил (в переводе с еврейского - «данный Богом»). Чередование согласных ф/х нередко встречается в фамилиях украинского и белорусского происхождения. Среди святых, носивших это имя — апостол Нафанаил (известен также под именем Варфоломей), праведный Нафанаил и преподобный Нафанаил. Следует отметить, что фамилия Наханьков является отчеством второго порядка: Наханьков — сын Наханько, внук Нахани (Нафани). Суффикс -ко также указывает на украинские или белорусские корни фамилии.