Фамилия Нахапетова звучит необычно для русского уха, но образована по самой распространенной модели — с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Нахапетов. Женская форма Нахапетова исторически — это жена или дочь мужчины по фамилии Нахапетов.

Корень фамилии — «нахапет» — не встречается в современных русских именах или нарицательных словах. Наиболее вероятное объяснение лежит в области прозвищ. В южнорусских и украинских говорах слово «хапать» означало «хватать», «брать», «воровать». Приставка «на-» могла придавать глаголу дополнительный оттенок — «нахапать», то есть набрать, нахватать. Соответственно, «Нахапета» — это прозвище человека, который много и жадно набирал, прибирал к рукам. В ономастике такие прозвища по действию или поведению — один из древних пластов: они закреплялись за человеком и затем переходили в фамилию.

Есть и вторая, менее распространенная версия, которую приводят некоторые этимологи. В армянском языке существует имя Наапет, а фамилия Наапетян (или Нахапетян) встречается у армян. Форма Нахапетов могла возникнуть при обрусении армянской фамилии: окончание -ян заменили на русское -ов. Однако эта версия слабее: если бы фамилия была армянского происхождения, она сохранила бы характерное -ян или -янц в документах, а не сразу перешла в -ов. К тому же, географически фамилия Нахапетовы встречаются в основном в русских регионах — Ростовской, Воронежской областях, на Кубани, где традиционны прозвища на диалектной основе.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках она не фиксируется среди дворянских или купеческих родов, что говорит о ее крестьянских или казачьих корнях. Скорее всего, предки носителя фамилии получили прозвище Нахапета за расторопность или нечистоплотность в делах, а уже их дети и внуки стали Нахапетовыми.