Нагапетов — фамилия, которая сразу выдаёт армянские корни, хотя на слух звучит по-русски благодаря суффиксу -ов. Это типичный случай, когда фамилию «обрусели» в XIX — начале XX века: армянскую основу привели к стандартной российской модели, добавив патронимический суффикс. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Нагапетян или Нагапетянц.

В основе лежит армянское имя Нагапет. Оно составное: «наг» — «первый» или «главный» (родственно древнеперсидскому), и «пет» — «господин», «владыка» (тот же корень, что в именах Акоппет, Петрос). В сумме Нагапет означает «первый господин» или «верховный правитель». В армянской ономастике это имя-титул, аналогичное русскому Властелин или греческому Архистратиг. Носило его, скорее всего, духовное лицо или уважаемый старейшина.

Суффикс -ов в фамилии Нагапетов указывает на то, что предок переселился в русскоязычную среду, вероятно, на юг России или в Закавказье, где армянские фамилии часто русифицировали при записи в метрические книги. Географически фамилия встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и Ставрополье — регионах, куда армяне массово переселялись после русско-турецких войн. В самой Армении носителей Нагапетов почти нет, там остались формы Нагапетян или Нагапетянц.

Интересная деталь: написание через «о» (Нагапетов), а не через «а» (Нагапетов) — единственно верное, поскольку ударение в исходном имени падает на последний слог: Нагапе́т. Это сразу отличает фамилию от похожих, но не родственных, вроде Нагаев или Нагибин. По сословной принадлежности предки Нагапетовых были в основном мещанами или крестьянами, реже — купцами. Дворянских ветвей с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.