Фамилия Наапетов — один из ярких примеров того, как русская фамилия может быть образована от армянского личного имени. Её основа — крестильное имя Наапет, которое является армянской формой библейского имени Нафанаил (в переводе с древнееврейского «дар Божий»). В армянском языке это имя приобрело народное звучание и широко бытовало в среде армян-христиан.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе «Наапет» добавлен суффикс -ов. Этот суффикс в русском языке указывает на принадлежность («чей?») и буквально означает «сын Наапета» или «из рода Наапета». Фамилия появилась в результате адаптации армянской антропонимической системы к русской традиции, когда при оформлении документов и переписи населения армянские фамилии часто русифицировали, добавляя типичные русские окончания.

Географически фамилия Наапетов встречается в основном в регионах, где исторически существовали крупные армянские общины: в Ростовской области, Краснодарском и Ставропольском краях, а также в Москве и Санкт-Петербурге. В самой Армении фамилия могла бы звучать как Наапетян, но форма с суффиксом -ов закрепилась именно среди армян, переселившихся на территорию Российской империи и получивших русское паспортное оформление.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по роду занятий, Наапетов не говорит о профессии предка. Она прямо отсылает к имени прародителя, что характерно для фамилий, возникших в среде, где имя отца служило главным семейным маркером. Это типичная «патронимическая» фамилия, которая не редкость у народов Кавказа и Закавказья.

Интересно, что в русской среде фамилия Наапетов могла подвергаться искажениям и упрощениям в произношении — иногда её записывали как Наапетов, хотя в армянском оригинале ударение падает на последний слог имени. В русском языке ударение в фамилии обычно ставится на второй слог: Наа́петов.