Фамилия Наливайкин образована от прозвища Наливайка, которое восходит к украинскому слову «наливайко», что означает «наливщик», то есть тот, кто занимается наливанием чего-нибудь. Например, так могли называть хозяина трактира, корчмы. Следовательно, прозвище Наливайка относится к числу «профессиональных» именований, указывающих на род занятий человека. Так и прозвище Наливайка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Наливайкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Наливайка, со временем получил фамилию Наливайкин.