Фамилия Наливайкина образована от прозвища Наливайка, и в этом имени слышится отголосок давней профессии. Основа прозвища — украинское слово «наливайко», то есть «наливщик», человек, который разливает напитки. Чаще всего так называли хозяина трактира или корчмы, чья работа была связана с бочками, кувшинами и кружками. Поэтому прозвище относится к «профессиональным» именованиям: оно прямо указывало на род занятий, по которому человека легко узнавали в округе.

Прозвище закрепилось за человеком как самое употребительное имя, а затем легло в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Наливайкин означает «сын Наливайки», «из семьи Наливайки». Такой способ образования типичен для русских фамилий, где основой становилось прозвище отца. Потомок человека с прозвищем Наливайка со временем получил фамилию Наливайкин, и она передавалась из поколения в поколение.

В истории есть и другая, более громкая ассоциация — с именем Северина Наливайки, предводителя казацкого восстания конца XVI века. Однако прямая связь здесь маловероятна: прозвище «наливайка» бытовало в народе независимо от исторических событий, как бытовое обозначение трактирщика. Слабая версия о родстве с казацким гетманом не подтверждается ономастическими источниками, и её стоит отбросить.

Интересно, что фамилия встречается не только в русской, но и в украинской среде, что отражает общие корни прозвища. В любом случае, для носителя фамилии она остаётся ценным источником семейной истории: в ней сохранилась память о предке, чьё занятие — наливать напитки гостям — было настолько заметным, что стало его именем.