Фамилия Наполес — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не вписывается в привычную модель русских фамилий на -ов, -ин или -ский, и её происхождение почти наверняка не связано с императором Франции, хотя первая ассоциация напрашивается именно такая.

Скорее всего, основа фамилии — географическая. Наполес — это вариант названия итальянского города Неаполь (Napoli). В русской традиции XIX века, особенно в документах и устной речи, город могли называть Наполь или Наполес. Фамилию мог получить выходец из этого региона или человек, торговавший с Неаполем, — купец, моряк, ремесленник. Подобные «географические» фамилии (Венедиктов — от Венеция, Лейпцигский) давали приезжим или тем, кто побывал в дальних странах.

Другая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В духовных семинариях ученикам нередко придумывали фамилии по названиям библейских городов или античных мест. Наполес (как искажённое Неаполь) мог дать повод для книжной, «благозвучной» фамилии. Но для духовного сословия типичнее формы на -ский (Напольский), а Наполес — скорее бытовой, народный вариант.

В любом случае, фамилия Наполес — не русская по корню, а заимствованная через географию. Её носители в России и странах бывшего СССР — потомки либо итальянских переселенцев, либо людей, получивших прозвище по месту жительства или занятию. Встречается фамилия крайне редко, в основном на юге России и Украине, что косвенно подтверждает связь с черноморскими портами и торговыми путями.