Фамилия Наргун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если не знать контекста, её легко принять за иноязычную, но на самом деле она, скорее всего, исконно русская, хотя и нестандартная по словообразованию.

Главная трудность — в основе. В русском языке нет общеупотребительного слова «наргун». Это не профессия, не черта характера и не географическое название. Поэтому ономасты обычно рассматривают два пути. Первый: фамилия могла возникнуть из прозвища, данного по внешнему сходству или повадкам. В некоторых диалектах «наргун» могло быть искажённым вариантом слова «норгун» или «норка» — так в северных говорах называли не только зверька, но и юркого, подвижного человека. Вторая версия, более правдоподобная, связана с личным именем. В крестьянской среде часто давали внутрисемейные имена, не связанные с крестильными. Имя Наргун могло быть производным от «Нар» — краткой формы от таких имён, как Ионар, или же от тюркского «нар» (гранат, верблюд), которое проникло в русские говоры через торговые контакты. В этом случае суффикс -ун указывает на деятеля или носителя признака: Наргун — «тот, кто связан с Наром» или «сын Нара».

Модель образования — суффиксальная, но без типичного родового окончания -ов/-ев или -ин. Фамилия застыла в форме прозвища, что характерно для украинской или южнорусской традиции, где фамилии на -ун (Горбун, Скакун) встречаются чаще. Однако в случае с Наргун корень неочевиден, и это могло произойти из-за фонетических изменений: например, фамилия Нарыгин или Норгунов могла со временем упроститься до Наргун в результате сокращения или диалектного произношения.

География фамилии узкая. По данным современных справочников, Наргун встречается в единичных случаях, преимущественно в Сибири и на Урале, что косвенно подтверждает версию о диалектном или адаптированном тюркском заимствовании. В XIX веке носители фамилии могли быть государственными крестьянами или казаками — сословиями, где фамилии часто фиксировались по прозвищам, а не по отчеству.

Таким образом, фамилия Наргун — скорее всего, остаток старинного прозвища или адаптация редкого имени, закрепившаяся в устной речи и записанная в документах без дополнительных суффиксов. Её редкость объясняется не утратой, а изначально локальным бытованием.