Фамилия Наргин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие возможные объяснения. Её основа — топоним Нарга, и таких названий в России несколько. Самое известное — село Нарга в Томской области, но есть и речка Нарга в Магаданской области, и несколько мелких речек с таким именем в Сибири. Человек, переселившийся оттуда, автоматически получал прозвище «Нарга», а его потомки — фамилию Наргины. Модель образования простейшая: суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Наргин»), то есть «сын Нарги» или «человек из Нарги».

Второй, менее вероятный, но лингвистически возможный вариант — отчество от нецерковного имени Нарга. В русских говорах слово «нарга» могло означать «ворчун», «брюзга» (сравните с диалектным «наргать» — ворчать). Тогда прозвище Нарга давали нелюдимому или вечно недовольному человеку, и фамилия закрепилась бы за его детьми. Однако в письменных источниках такое прозвище не фиксируется, в отличие от устойчивых топонимов.

Третья версия — связь с финно-угорским населением. В языках коми и удмуртов «нарг» означает «низина», «сырое место» или «болото». Если предки носили коми-фамилию Наргов, то при русификации конечное -ов могло перейти в -ин под влиянием местного говора, но это уже цепочка допущений. Правдоподобнее всё же считать Наргина «сибиряком по фамилии»: носители сосредоточены в Томской области и соседних регионах, что косвенно подтверждает версию о переселенцах из одноимённого села.

Социальный состав у фамилии смешанный. В метрических книгах XIX века Наргины встречаются и среди крестьян, и среди мещан, что типично для фамилий, образованных от названий деревень: такие фамилии не были привилегией какого-то одного сословия. Сейчас это очень редкая фамилия, и её носители, скорее всего, потомки тех самых выходцев из Нарги, разъехавшихся по стране в XX веке.