Фамилия Настагунин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «настагун» не встречается в современных словарях, поэтому разбирать её приходится по частям, опираясь на живые диалекты и модели русских прозвищ.

Первое, что бросается в глаза — суффикс -ин. В русских фамилиях он типичен для образования от основ на -а, -я: мамин, папин, кузьмин. Значит, исходное прозвище или имя, от которого пошла фамилия, звучало как Настагуня или Настагун. Это некалендарное имя, скорее всего, прозвищного типа.

Корень «наст-» здесь почти наверняка связан с глаголом «настать» — наступить, прийти. В северных и сибирских говорах «настать» означало не только время, но и состояние: «настал» — наступил, появился. Вторая часть «-гун» — типичный для русских прозвищ суффикс со значением деятеля, склонного к действию. Сравните: бегун, крикун, ворчун. Если соединить, получится «настагун» — тот, кто настаёт, приходит, появляется. Возможно, так называли человека, который внезапно появлялся или приходил не вовремя, «наставал» без предупреждения.

Есть и другая, менее вероятная версия: от диалектного «настать» в значении «настоять, выдержать». Тогда «настагун» — упрямый, настойчивый человек, который стоит на своём до конца. В пользу этой гипотезы говорит то, что суффикс -гун часто давал прозвища с оттенком чрезмерности: не просто делает, а делает слишком.

Географически фамилия Настагунин, судя по редким упоминаниям, тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Костромской, Кировской. Там диалектные формы с суффиксом -гун были особенно распространены. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям — прозвища такого типа редко давались дворянам.

Таким образом, фамилия Настагунин происходит от прозвища Настагун, которое, вероятно, дали человеку с яркой чертой характера — настойчивому или, наоборот, тому, кто любил являться нежданно. Суффикс -ин указывает на прямую принадлежность: «сын Настагуна».