Фамилия Наставина образована от мужской формы Наставин, а та — от прозвища или нецерковного имени Настава. В русских говорах слово «настава» имело несколько значений. В северных и сибирских диалектах так называли наставника, руководителя, человека, который «наставляет» других, то есть учит или направляет. В других областях «наставой» могли назвать продолжение, прибавку к чему-либо — например, дополнительный кусок ткани или пристройку к дому. Соответственно, прозвище Настава мог получить либо человек наставнического склада, либо тот, кто родился или появился в семье «вдобавок» к уже имевшимся детям.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Наставин — «сын Наставы» или «из семьи Наставы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а. Сравните: Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин, Настава — Наставин. Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает диалектное происхождение корня.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с церковным именем Анастасий (в просторечии Настас), от которого образована фамилия Настасин. Однако форма Наставин имеет другое окончание и выглядит как самостоятельное образование от «настава», а не как вариант имени. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Встречается также написание Наставина с ударением на второй слог, что характерно для фамилий, где основа — «настава» (наста́ва), а не уменьшительное от имени. В целом фамилия редкая, не входит в число массовых русских фамилий, и её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких локальных ветвей, разошедшихся по разным губерниям.

Таким образом, предок современных Наставиных с большой вероятностью был либо наставником, старшим в каком-то деле, либо получил прозвище по обстоятельствам рождения — как «добавка» к семье.