Фамилия Натха — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она нерусская по корню, но могла органично войти в русскую фамильную систему через браки, переселения или крещение. Чтобы понять её смысл, нужно отталкиваться от двух основных версий.

Первая и самая вероятная версия — индийская. В санскрите и языках хинди «натха» (नाथ) означает «господин», «владыка», «покровитель». Это слово входит в состав многих имён и титулов (например, Джаганнатха — «владыка мира»). Фамилия могла закрепиться за потомками выходцев из Южной Азии, оказавшихся на территории Российской империи, либо за людьми, принявшими индуизм или кришнаитскую традицию. В этом случае носитель фамилии — потомок человека, которого уважительно называли «господином» или который был посвящён в духовный сан.

Вторая версия — греческая, хотя и менее убедительная. В греческом языке есть слово νάθα (нафа) — «карлик» или «низкорослый». Если фамилия пришла из греческих диалектов Причерноморья или от понтийских греков, то прозвище Натха мог получить невысокий человек. Однако для русского уха такое прозвище звучало бы чужеродно, и вряд ли оно прижилось бы без изменений.

Словообразовательно фамилия Натха стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Это так называемая «голая» фамилия — застывшая форма прозвища или имени без дополнительного оформления. Такие фамилии характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, а также для фамилий, образованных от иноязычных основ. Если бы фамилия была русской по модели, она звучала бы как Натхов или Натхин.

Географически фамилия Натха встречается точечно, без выраженного ареала. Её можно найти в записях Краснодарского края, Москвы, Санкт-Петербурга, а также в среде потомков эмигрантов первой волны. В дореволюционных справочниках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем появлении или малочисленности рода.

Таким образом, фамилия Натха с большой долей вероятности ведёт начало от индийского титула «господин». Носитель этой фамилии — наследник человека, которого уважали как покровителя или духовного наставника. Второй, греческий вариант менее вероятен, но полностью исключать его нельзя: в ономастике нередко сталкиваются разные языковые ветви, давая одну и ту же по звучанию фамилию.