Фамилия Наточен — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, сохранив глагольную форму. В основе лежит слово «наточить» — сделать острым, отточить лезвие. Скорее всего, прозвище Наточен дали человеку, который постоянно точил инструменты: кузнецу, оружейнику, ножовщику или деревенскому умельцу, державшему в порядке косы и серпы. В говорах у глагола было и переносное значение — «наточить язык» в смысле «научиться язвить, остро говорить», так что прозвище могло закрепиться и за острым на язык человеком.

Фамилия образована по редкой модели — от страдательного причастия прошедшего времени (наточенный → наточен). Обычно такие фамилии встречаются у украинцев и белорусов (например, Поздравлен, Ковален), но в русской среде это исключение. Суффикс -ен без фамильного окончания -ов/-ев указывает на то, что фамилия, вероятно, закрепилась в той форме, в которой человека называли в быту: «Иван Наточен» — то есть «Иван, которого наточили» или «Иван-наточенный». Со временем окончание не нарастили, и фамилия осталась в «голом» виде.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам. В документах XIX века носители встречаются в Курской, Воронежской губерниях и на Слобожанщине — там, где было развито кузнечное и слесарное ремесло. В центральной России фамилия почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её южное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Точилин, Точильщиков, Наточий — показывает, что Наточен самая краткая и «глагольная». Если Точилин образован от имени Точила (прозвище точильщика) с суффиксом -ин, то Наточен — прямое причастие, что делает фамилию уникальной по словообразованию. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны как единичные, характерные скорее для прозвищ, не успевших «обрасти» стандартными суффиксами.

Двойное ударение — на первый или последний слог — не меняет смысла: в обоих случаях корень один. Носители фамилии, скорее всего, потомки ремесленников, чьё занятие было настолько заметным, что заменило имя.