Фамилия Наточеев образована от прозвища Наточей, которое, скорее всего, восходит к глаголу «наточить». Даля он трактуется как «вытачивать, оттачивать, наострять». Возможно, предок современного носителя фамилии занимался токарным делом. Не исключено также, что прозвище Наточей ведет свое начало от глагола «наточать», то есть «насыпать зерновой хлеб, муку и другое». Исходя из этого, можно предположить, что родоначальник фамилии Наточеевых был мельником. Так и прозвище Наточей закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Наточеев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Наточей, со временем получил фамилию Наточеев.