Фамилия Наточая — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив глагольную форму. В основе лежит украинское или южнорусское слово «наточати» — точить, заострять, натачивать. Носитель такой фамилии, скорее всего, был ремесленником: токарем по дереву или металлу, ножовщиком, мастером по заточке инструмента. В говорах у слова был и переносный смысл — «наточить» означало настроить, наладить, поэтому прозвище могло закрепиться за расторопным, умелым человеком.

Обратите внимание на суффикс: окончание -ая — это не типичное русское -ов/-ев, а застывшее окончание женского рода прилагательного. В украинской и белорусской традиции так могли записать жену или вдову мастера: «Наточая» — жена Наточого (того, кто точит). Но в документах XIX века форма на -ая нередко закреплялась за целым родом, независимо от пола. Встречаются варианты Наточий, Наточей — они указывают на ту же основу, но с разными диалектными окончаниями.

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине, Полтавщине и югу России — регионам, где было сильно украинское влияние. В переписях XIX века носители Наточей числились среди государственных крестьян и мещан, то есть людей свободных, но недворянского сословия. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её ремесленное, «низовое» происхождение.

Сравните с однокоренными фамилиями: Точилин, Точильщиков, Наточный. Все они образованы от того же корня, но по разным моделям. Наточая — самая архаичная и прямая: она не переосмысливалась через суффиксы, а просто застыла в виде прозвища. Это редкий случай, когда фамилия почти дословно передаёт занятие предка.