Фамилия Наточеев хранит память о прозвище дальнего предка — Наточей. В основе, скорее всего, лежит глагол «наточить», который В. Даль толкует как «вытачивать, оттачивать, наострять». Если так, родоначальник владел токарным или слесарным ремеслом: точил ножи, инструменты или деревянные детали. Но есть и вторая версия — от глагола «наточать», то есть «насыпать зерновой хлеб, муку». Тогда прозвище могло закрепиться за мельником, который насыпал зерно в жернова или отпускал помол.

Обе гипотезы правдоподобны, но вторая кажется чуть более редкой и потому интересной. В говорах «наточать» часто означало именно отмеривать и высыпать сыпучее, а мельник в деревне был фигурой заметной, и его занятие легко превращалось в уличное прозвище. Токарь тоже не теряется на фоне других профессий, но слово «наточить» в значении «выточить» употреблялось шире, поэтому первая версия может относиться к любому мастеру, а не только к токарю.

Сама модель образования проста: прозвище Наточей, оканчивающееся на -ей, дало форму притяжательного прилагательного с суффиксом -ев. Такая схема типична для русских фамилий, возникших от прозвищ с мягкой основой: рядом стоят, например, Балабанцев или Зверев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа заканчивалась мягким или шипящим звуком.

Фамилия встречается нечасто, и это как раз тот случай, когда прозвище, скорее всего, родилось в одной локальной среде — в ремесленной или сельской, где человека знали по делу. Точное место и время закрепления фамилии без архивных разысканий не установить: процесс шёл несколько столетий и в разных регионах мог протекать независимо. Но даже без генеалогических изысканий ясно: Наточеевы — потомки мастера, которого в округе называли по работе, и это занятие оказалось настолько характерным, что пережило само прозвище.