Фамилия Навагин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ин скрывается неочевидная основа. Вопреки первому впечатлению, она вряд ли связана с рыбой навагой: прозвища по названиям рыб образовывали фамилии вроде Навагин, но для северных поморских говоров, где эта рыба была промысловой. Однако география фамилии подсказывает другую версию.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — «Навага». Но что это за имя? Скорее всего, это не рыба, а искажённое крестильное имя Амвросий. В народной речи это имя нередко упрощали до Абросим, а затем — до Навага, как частный случай редукции первого слога. Сравните с фамилиями Абросимов, Аброськин — они из того же гнезда. Такая трансформация типична для русской ономастики: сложное греческое имя «перекраивали» на слух, делая его похожим на понятное слово.

Встречается Навагин в основном в центральных и южнорусских регионах, где навага не водится, что косвенно подтверждает «именную» версию. Если предок звался Навагой, он мог быть крестьянином или мещанином — фамилия не элитарная, а массовая, возникшая в среде, где имя Амвросий звучало слишком книжно и заменялось привычным бытовым вариантом.

Таким образом, носитель фамилии Навагин, скорее всего, потомок человека, которого в обиходе называли Навагой, а по документам — Амвросием. Фамилия не редкая, но её корень — хороший пример того, как живая речь перерабатывает церковные имена в узнаваемые прозвища.