Фамилия Навагина хранит память о прозвище дальнего предка — Навага. В основе лежит название рыбы семейства тресковых, известной в русском обиходе с XVI века. Само слово пришло из саамских языков, и появление наваги на русском столе тогда было событием заметным: ловят эту рыбу зимой, с декабря по февраль, когда свежая рыба особенно ценилась.

Прозвище Навага, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям. Им могли наградить рыбака, для которого зимний лов наваги был основным промыслом, или повара, чьё умение готовить эту рыбу выделяло его среди прочих. Впрочем, не исключено, что прозвище закрепилось и как шутливое — за внешнее сходство или особенность характера, но версия о связи с ремеслом выглядит убедительнее: слишком конкретным было слово для случайного прозвища.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Навага добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такой способ типичен для русских фамилий, которые формировались от прозвищ отца: Навагин буквально означает «сын Наваги», а для женщин — Навагина. Суффикс -ин, а не -ов, здесь не случаен: он характерен для слов, оканчивающихся на -а, и встречается в фамилиях, распространённых в северорусских землях, где промысел рыбы был особенно развит.

Интересно, что фамилия сохранила форму женского рода, которая в современном употреблении закрепилась за женщинами, тогда как мужская форма — Навагин. Оба варианта восходят к одному прозвищу, и разница лишь в грамматическом роде носителя. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только закреплялись, такие пары встречались повсеместно, и Навагина не исключение.

Род Навагиных, как и многие другие, получил фамилию не по наследственному титулу, а по живому прозвищу, которое прижилось в обиходе. Передаваясь из поколения в поколение, она сохранила не только звучание, но и намёк на занятие предка — будь то рыбак на Белом море или повар в барской усадьбе. Сказать точно, кем был первый Навага, сейчас нельзя: письменных свидетельств о нём не сохранилось, но сама фамилия остаётся связующей нитью с тем временем, когда прозвища заменяли людям фамилии.