Фамилия Навайкин — редкий случай, когда прозвище сохранило почти неизменным звучание исходного глагола. В её основе лежит слово «навайкать» — диалектный глагол, означающий «наделать, натворить что-то» или «наговорить, наболтать лишнего». В некоторых говорах «навайкать» имело оттенок «напророчить» или «накликать беду». Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, слыл говорливым, склонным к преувеличениям или неосторожным в словах — либо, наоборот, тем, кто умел «навайкать» дел, то есть был хлопотливым и деятельным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Навайка — так могли звать самого носителя прозвища, а его сын или потомок становился Навайкиным. Модель образования типична для северных и центральных русских регионов, где -ин активно конкурировал с -ов. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от названий профессий или отчеств на -а/-я, Навайкин — яркий пример прозвищной фамилии, где исходное слово не было ни именем, ни ремеслом.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами нескольких районов — её можно связать с новгородскими или вятскими говорами, где глагол «вайкать» (и производные «навайкать», «завайкать») фиксируется в диалектных словарях. В письменных источниках XVIII–XIX веков форма «Навайкин» могла записываться через «о» — «Новайкин», что отражает акающее произношение. Такое колебание в написании — дополнительная подсказка для генеалогического поиска: при розыске предков стоит проверять оба варианта.

Версия о связи с тюркским корнем «навай» (как вариант имени Навай — «подарок») маловероятна: русская фамилия с суффиксом -ин на тюркской основе выглядела бы иначе (например, Наваев или Навайев), и география бытования Навайкиных не совпадает с ареалом тюркских фамилий. Так что перед нами чисто русское прозвище, закрепившееся за родом говорливых или хлопотных людей.