Фамилия Наволокин образована от прозвища Наволока, а то, в свою очередь, — от диалектного слова «наволок». В русских говорах так называли заливной луг или низменный берег реки, который заливает в половодье. В других областях это же слово означало «облако, туча, туман». Если следовать этой версии, основатель рода жил у воды, где по утрам стелился густой туман, либо владел землёным лугом на пойме. Прозвище закрепилось за человеком, а его потомки со временем стали Наволокиными — по стандартной модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин.

Вторая версия связывает фамилию не с прозвищем, а с топонимом. На карте России несколько мест с названием Наволок или Наволоки: деревня Наволок в Волховском районе Ленинградской области, деревня в Окуловском районе Новгородской области, город Наволоки в Ивановской области. Предок мог получить фамилию по месту жительства — так называли человека, который пришёл из этих мест или жил в них. Такая модель встречается часто: переселенцев записывали по названию родной деревни, и со временем это превращалось в фамилию.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но первая кажется более вероятной. Диалектное слово «наволок» было широко распространено в северных и центральных губерниях, а прозвища, образованные от особенностей ландшафта, давали людям охотно. Топонимическая версия тоже не слабая, но она обычно работает там, где есть документальная фиксация переезда. В пользу прозвища говорит и то, что слово «наволока» в некоторых говорах употреблялось и как самостоятельное имя-прозвище — так могли назвать человека, который жил на наволоке, то есть на лугу у реки.

В написании фамилии нет ничего необычного: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын Наволоки». Подобные фамилии от названий лугов, рек и низин встречаются часто, но именно Наволокин сохранил редкую основу, которая сегодня почти вышла из живого употребления. Любопытно, что в одном ряду с ней стоят фамилии Наволочкин и Наволоцкий — они образованы от тех же корней, но другими суффиксами, что говорит о разных путях закрепления прозвища в разных регионах.

О точной дате возникновения фамилии говорить сложно: письменные источники по конкретным родам Наволокиных не собраны. Но по модели образования она относится к древнему пласту русских фамилий, которые складывались в XV–XVII веках, когда прозвища начинали передаваться детям и внукам.