Фамилия Навоян — армянская, и её основа лежит в имени, а не в ремесле или прозвище. Само слово «азганун» (ազգանուն) в армянском языке означает «имя клана» или «родовое имя», и фамилия Навоян как раз и есть такой родовой маркер. Она образована от личного имени Навои, которое переводится как «мелодичный». Это не случайное созвучие: имя восходит к поэтическому псевдониму классика восточной поэзии Алишера Навои, которого в Армении глубоко почитают.

Алишер Навои — фигура мирового масштаба, и одна из сквозных тем его творчества — единство народов. Его герои могли быть армянами, арабами, греками или персами, а земной рай в его произведениях воплощён в Армянском государстве, где преодолены власть золота, денежные отношения и собственнические пороки. Поэтому вполне вероятно, что родители, называя сына Навои, сознательно отсылали к этому образу — как к имени-пожеланию, связанному с высокой поэзией и нравственным идеалом.

Словообразовательная модель здесь типична для армянских фамилий: суффикс -ян (в диалектных вариантах -янц) указывает на принадлежность к роду. Первоначально такие форманты означали «из семьи таких-то» или «из рода таких-то», поэтому фамилия Навоян поначалу имела прямое значение «из рода Навои». То есть это не профессиональная или географическая фамилия, а патронимическая, построенная вокруг личного имени предка.

Интересно, что в отличие от многих армянских фамилий, образованных от библейских или древнеармянских имён, Навоян отсылает к культурному герою сравнительно поздней эпохи — это делает её более «литературной» по происхождению. Споров о корне здесь почти нет: связь с именем Навои очевидна и подтверждается самой семантикой слова «мелодичный». Слабая альтернативная версия, выводящая фамилию из тюркского «наво» (мелодия, напев), по сути, ведёт к тому же смыслу, но именно армянская традиция почитания Алишера Навои делает версию с поэтом основной и наиболее правдоподобной.