Фамилия Набоян звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно: это типичная армянская фамилия, образованная по модели «основа + суффикс -ян». Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) в армянском языке выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывает на принадлежность к роду. Буквально Набоян означает «из рода Набо» или «потомок Набо».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Набо. В армянской ономастике имя Набо может быть сокращением от более длинных имён, содержащих этот корень, либо восходить к арамейскому или древнеперсидскому Nabu — имени вавилонского бога мудрости и письменности. В дохристианской и раннехристианской Армении, находившейся под влиянием Месопотамии, такие теофорные имена (содержащие имя божества) встречались, хотя со временем они утратили религиозный смысл и стали просто личными именами.

Географически фамилия Набоян распространена в основном среди армянской диаспоры, а также в самой Армении. В России она редка и чаще всего встречается у потомков армянских переселенцев второй половины XIX — начала XX века. Встречаются варианты написания: Набоянц (с устаревшим окончанием) или Набоян, что не меняет сути.

Словообразовательная модель проста, без дополнительных формантов: корень Набо + суффикс -ян. Это говорит о том, что фамилия сложилась в поздний период формирования армянских родовых имён (XVII–XIX века), когда суффикс -ян уже стал доминирующим. В отличие от русских фамилий, где суффикс указывает на отчество (Иванов — сын Ивана), армянский -ян может крепиться и к прозвищу, и к имени отца, и к названию ремесла, но в случае Набоян наиболее вероятна связь с личным именем предка.

Если попытаться реконструировать историю: предок носителя фамилии был известен под именем Набо — либо как человек с таким редким именем, либо как получивший прозвище по какой-то примете. Его дети и внуки стали зваться Набоянами, то есть «людьми Набо». Со временем имя-прозвище забылось, а фамилия осталась.