Фамилия Найханов, скорее всего, тюркского происхождения, и её разбор стоит начать с корня «найхан». В татарском, башкирском и казахском языках слово «най» означает «мелодия», «напев», а «хан» — титул правителя. Однако прямое сложение «мелодичный хан» маловероятно для прозвища. Более правдоподобная версия — это искаженное имя Найман. Найманы — одно из крупных средневековых тюркских племен, вошедшее в состав многих народов, в том числе казахов, ногайцев и башкир. В таком случае фамилия образована по модели «этноним + суффикс -ов», то есть предок был выходцем из рода найманов или носил прозвище Найман, которое со временем сократилось до Найхан.

Морфология фамилии проста: суффикс -ов указывает на русский способ оформления фамилии, характерный для XVI–XIX веков, когда тюркские имена и прозвища адаптировали к русской грамматике. Встречаются варианты с другим суффиксом — Найханов, Найхановский, но основная форма — Найханов. С точки зрения расселения, фамилия редкая, но встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — регионах, где исторически жили тюркские народы, взаимодействовавшие с русскими.

Существует и менее вероятная гипотеза: связь с монгольским словом «найха» — «мирный», «дружелюбный». Но она слабо подтверждена источниками: в монгольских фамилиях суффикс -ов нехарактерен, а в русском контексте такая форма почти не встречается. Поэтому версия с племенным названием Найман выглядит убедительнее: она объясняет и корень, и географию, и типичную для тюркских фамилий модель образования.

Сословно предки Найхановых могли быть служилыми татарами, казаками или государственными крестьянами. Точных данных о дворянстве нет — фамилия не входит в списки столбового дворянства, но это не редкость для поздних фамилий, которые фиксировались в метрических книгах и ревизских сказках уже в XIX веке.