Фамилия Неаполитанов — редкий случай, когда географическое прозвище не просто указывает на выходца из города, а буквально кричит об этом. В основе лежит итальянский топоним Неаполь (Napoli, от греческого Neapolis — «новый город»). Фамилия образована по типичной русской модели: к основе «Неаполитан» (так в старину называли жителя Неаполя) добавили патронимический суффикс -ов. Получается «сын неаполитанца» или «потомок того, кого прозвали Неаполитаном».

Ключевая особенность — суффикс -ов, а не -ский (как было бы в фамилии Неаполитанский). Выбор -ов указывает, что прозвище закрепилось как личное имя или семейное обозначение ещё до того, как фамилии стали массово оформлять через -ский. Такие фамилии обычно старше и бытуют в среде крестьян и мещан, а не дворянства. Человек по прозвищу Неаполитан мог быть либо настоящим итальянцем, попавшим в Россию (архитектор, музыкант, купец), либо русским, побывавшим в Неаполе и получившим это прозвище по возвращении. В XVIII–XIX веках образованные дворяне совершали гран-тур по Европе, и «неаполитанец» могло стать шутливым домашним именем для того, кто много рассказывал об Италии.

Географически фамилия крайне редкая и не имеет одного «гнезда». Встречается разрозненно: в центральных губерниях, на юге России, изредка у потомков обрусевших итальянцев. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель «географическое прозвище + -ов» описана как типичная для семинарских и простонародных фамилий, но Неаполитанов не относится к искусственным семинарским (те обычно оканчивались на -ский). Скорее всего, это живое прозвище, зафиксированное в документах при переписи.

Споров о происхождении почти нет: все версии сходятся на Неаполе. Единственный нюанс — могла ли фамилия возникнуть от названия иконы или храма? Теоретически да (Неаполитанская икона Божией Матери), но для фамилии с суффиксом -ов это маловероятно. Такие случаи дают фамилии на -ский: Неаполитанский — уже прямая отсылка к храму или семинарии. Неаполитанов — это про человека, а не про святого.